Drug Discovery — Drug discovery: ChEMBL search, drug-likeness, interactions
Drug Discovery — Drug discovery: ChEMBL search, drug-likeness, interactions
ابدأ بالمعنى، ثم انتقل إلى التفاصيل.
هذا الدرس يشرح Drug Discovery — Drug discovery: ChEMBL search, drug-likeness, interactions ضمن موضوع توسيع Hermes وربطه بأدوات أخرى. ستعرف ما الذي يفعله هذا الجزء، متى تحتاجه، وما أصغر خطوة آمنة للتأكد أنه يعمل.
إن كنت جديدًا: لا تحفظ الأسماء. ركّز على ثلاثة أسئلة: ما المشكلة التي يحلها هذا الجزء؟ ما البيانات أو الصلاحيات التي يحتاجها؟ وكيف أعرف أن النتيجة صحيحة؟
للتطبيق: اقرأ المثال الأول، حدّد ما سيغيّره، نفّذه على بيانات تجريبية، ثم قارن الناتج بما وعد به المصدر.
للمتخصص: راجع Skill metadata، Reference: full SKILL.md، Core Workflows، ثم افحص حالات الفشل والتوافق مع إصدارك.
أكمل التثبيت وأول مهمة قبل إضافة قدرات جديدة.
نتيجة واضحة قبل أن تقرأ.
- تفهم Drug Discovery — Drug discovery: ChEMBL search, drug-likeness, interactions من دون افتراض معرفة سابقة.
- تفرّق بين الوصف والمعلومة التي تحتاج إلى اختبار في بيئتك.
- اقرأ الأمر الأول وحدد المدخلات والمخرجات قبل نسخه.
تعريفات قصيرة قبل التفاصيل.
- Skill
- حزمة تعليمات تعلّم Hermes طريقة عمل متكررة من دون إضافة خدمة خارجية بالضرورة.
Drug discovery: ChEMBL search, drug-likeness, interactions
ما الذي يقوله المصدر، وبأي ترتيب؟
- 01Skill metadata
ابدأ بهذا القسم لتفهم الفكرة أو البنية الأساسية.
- 02Reference: full SKILL.md
اقرأه بعد الأساسيات، ثم اربطه بالخطوة السابقة قبل المتابعة.
- 03Core Workflows
اقرأه بعد الأساسيات، ثم اربطه بالخطوة السابقة قبل المتابعة.
- 041 — Bioactive Compound Search (ChEMBL)
اقرأه بعد الأساسيات، ثم اربطه بالخطوة السابقة قبل المتابعة.
- 052 — Drug-Likeness Calculation (Lipinski Ro5 + Veber)
اقرأه بعد الأساسيات، ثم اربطه بالخطوة السابقة قبل المتابعة.
- 063 — Drug Interaction & Safety Lookup (OpenFDA)
اقرأه بعد الأساسيات، ثم اربطه بالخطوة السابقة قبل المتابعة.
- 074 — PubChem Compound Search
اقرأه بعد الأساسيات، ثم اربطه بالخطوة السابقة قبل المتابعة.
- 085 — Target & Disease Literature (OpenTargets)
اقرأه بعد الأساسيات، ثم اربطه بالخطوة السابقة قبل المتابعة.
- 09Reasoning Guidelines
اقرأه بعد الأساسيات، ثم اربطه بالخطوة السابقة قبل المتابعة.
- 10Important Notes
اختم بهذا القسم لتفحص النتيجة والحالات الخاصة.
انسخ بعد أن تفهم الأثر.
# Search compounds by target name (e.g. "EGFR", "COX-2", "ACE")
TARGET="$1"
ENCODED=$(python3 -c "import urllib.parse,sys; print(urllib.parse.quote(sys.argv[1]))" "$TARGET")
curl -s "https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/target/search?q=${ENCODED}&format=json" \
| python3 -c "
import json,sys
data=json.load(sys.stdin)
targets=data.get('targets',[])[:5]
for t in targets:
print(f\"ChEMBL ID : {t.get('target_chembl_id')}\")
print(f\"Name : {t.get('pref_name')}\")
print(f\"Type : {t.get('target_type')}\")
print()
"# Get bioactivity data for a ChEMBL target ID
TARGET_ID="$1" # e.g. CHEMBL203
curl -s "https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/activity?target_chembl_id=${TARGET_ID}&pchembl_value__gte=6&limit=10&format=json" \
| python3 -c "
import json,sys
data=json.load(sys.stdin)
acts=data.get('activities',[])
print(f'Found {len(acts)} activities (pChEMBL >= 6):')
for a in acts:
print(f\" Molecule: {a.get('molecule_chembl_id')} | {a.get('standard_type')}: {a.get('standard_value')} {a.get('standard_units')} | pChEMBL: {a.get('pchembl_value')}\")
"# Look up a specific molecule by ChEMBL ID
MOL_ID="$1" # e.g. CHEMBL25 (aspirin)
curl -s "https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/molecule/${MOL_ID}?format=json" \
| python3 -c "
import json,sys
m=json.load(sys.stdin)
props=m.get('molecule_properties',{}) or {}
print(f\"Name : {m.get('pref_name','N/A')}\")
print(f\"SMILES : {m.get('molecule_structures',{}).get('canonical_smiles','N/A') if m.get('molecule_structures') else 'N/A'}\")
print(f\"MW : {props.get('full_mwt','N/A')} Da\")
print(f\"LogP : {props.get('alogp','N/A')}\")
print(f\"HBD : {props.get('hbd','N/اقرأ الأمر الأول وحدد المدخلات والمخرجات قبل نسخه.
طابق أي أمر مع إصدار Hermes المثبّت، وراجع الملفات والحسابات التي قد يصل إليها، واستخدم بيانات غير حساسة في أول اختبار. إذا اختلف الشرح عن المصدر، فالمصدر الرسمي هو المرجع النهائي.