Bioinformatics — Gateway to 400+ genomics and computational biology skills
Bioinformatics — Gateway to 400+ genomics and computational biology skills
ابدأ بالمعنى، ثم انتقل إلى التفاصيل.
هذا الدرس يشرح Bioinformatics — Gateway to 400+ genomics and computational biology skills ضمن موضوع توسيع Hermes وربطه بأدوات أخرى. ستعرف ما الذي يفعله هذا الجزء، متى تحتاجه، وما أصغر خطوة آمنة للتأكد أنه يعمل.
إن كنت جديدًا: لا تحفظ الأسماء. ركّز على ثلاثة أسئلة: ما المشكلة التي يحلها هذا الجزء؟ ما البيانات أو الصلاحيات التي يحتاجها؟ وكيف أعرف أن النتيجة صحيحة؟
للتطبيق: اقرأ المثال الأول، حدّد ما سيغيّره، نفّذه على بيانات تجريبية، ثم قارن الناتج بما وعد به المصدر.
للمتخصص: راجع Skill metadata، Reference: full SKILL.md، Sources، ثم افحص حالات الفشل والتوافق مع إصدارك.
أكمل التثبيت وأول مهمة قبل إضافة قدرات جديدة.
نتيجة واضحة قبل أن تقرأ.
- تفهم Bioinformatics — Gateway to 400+ genomics and computational biology skills من دون افتراض معرفة سابقة.
- تفرّق بين الوصف والمعلومة التي تحتاج إلى اختبار في بيئتك.
- اقرأ الأمر الأول وحدد المدخلات والمخرجات قبل نسخه.
تعريفات قصيرة قبل التفاصيل.
- Gateway
- العملية التي تربط Hermes بقنوات مثل Telegram وDiscord وتدير وصول الرسائل.
- Skill
- حزمة تعليمات تعلّم Hermes طريقة عمل متكررة من دون إضافة خدمة خارجية بالضرورة.
Gateway to 400+ genomics and computational biology skills
ما الذي يقوله المصدر، وبأي ترتيب؟
- 01Skill metadata
ابدأ بهذا القسم لتفهم الفكرة أو البنية الأساسية.
- 02Reference: full SKILL.md
اقرأه بعد الأساسيات، ثم اربطه بالخطوة السابقة قبل المتابعة.
- 03Sources
اقرأه بعد الأساسيات، ثم اربطه بالخطوة السابقة قبل المتابعة.
- 04How to fetch and use a skill
اقرأه بعد الأساسيات، ثم اربطه بالخطوة السابقة قبل المتابعة.
- 05Skill Index by Domain
اقرأه بعد الأساسيات، ثم اربطه بالخطوة السابقة قبل المتابعة.
- 06Sequence Fundamentals
اقرأه بعد الأساسيات، ثم اربطه بالخطوة السابقة قبل المتابعة.
- 07Read QC & Alignment
اقرأه بعد الأساسيات، ثم اربطه بالخطوة السابقة قبل المتابعة.
- 08Variant Calling & Annotation
اقرأه بعد الأساسيات، ثم اربطه بالخطوة السابقة قبل المتابعة.
- 09Differential Expression (Bulk RNA-seq)
اقرأه بعد الأساسيات، ثم اربطه بالخطوة السابقة قبل المتابعة.
- 10Single-Cell RNA-seq
اختم بهذا القسم لتفحص النتيجة والحالات الخاصة.
انسخ بعد أن تفهم الأثر.
# bioSkills (reference material)
git clone --depth 1 https://github.com/GPTomics/bioSkills.git /tmp/bioSkills
# ClawBio (runnable pipelines)
git clone --depth 1 https://github.com/ClawBio/ClawBio.git /tmp/ClawBio# bioSkills — each skill is at: <category>/<skill-name>/SKILL.md
cat /tmp/bioSkills/variant-calling/gatk-variant-calling/SKILL.md
# ClawBio — each skill is at: skills/<skill-name>/
cat /tmp/ClawBio/skills/pharmgx-reporter/README.md# Python
pip install biopython pysam cyvcf2 pybedtools pyBigWig scikit-allel anndata scanpy mygene
# R/Bioconductor
Rscript -e 'BiocManager::install(c("DESeq2","edgeR","Seurat","clusterProfiler","methylKit"))'
# CLI tools (Ubuntu/Debian)
sudo apt install samtools bcftools ncbi-blast+ minimap2 bedtools
# CLI tools (macOS)
brew install samtools bcftools blast minimap2 bedtools
# Or via Conda (recommended for reproducibility)
conda install -c bioconda samtools bcftools blast minimap2 bedtools fastp kraken2اقرأ الأمر الأول وحدد المدخلات والمخرجات قبل نسخه.
طابق أي أمر مع إصدار Hermes المثبّت، وراجع الملفات والحسابات التي قد يصل إليها، واستخدم بيانات غير حساسة في أول اختبار. إذا اختلف الشرح عن المصدر، فالمصدر الرسمي هو المرجع النهائي.